De wijngaarden liggen in de zogenaamde Landgoederenzone, restant van het vroegere Hartelt. De Landgoederenzone ligt als een schil om de oostkant van Maastricht heen en bevat een aantal (inmiddels grotendeels gerestaureerde en van een nieuwe functie voorziene) landgoederen en buitenplaatsen met namen als Vaeshartelt, Meerssenhoven, Mariënwaard, Kruisdonk, Villa Kanjel en Villa Zonnevang.

De wijngaarden van Wijngaard de Boekenderhof liggen vlakbij het landgoed Vaeshartelt tegen Villa Zonnevang aan, in het relatief warme Maasdal. Fruittelers in dit gebied vertellen dat hun fruit ongeveer tien dagen eerder kan worden geplukt dan bij hun collega's op het hoger gelegen Zuid-Limburgse plateau, terwijl die op hun beurt tien tot veertien dagen eerder met de pluk kunnen beginnen dan hun collega's in bijvoorbeeld de Betuwe.

De ondergrond van de wijngaarden bestaat uit verschillende afzettingslagen van de Maas en de Geul (puinwaaier), waaronder grind (voor wijnstokken van vergelijkbare betekenis als mergel) en klei. Het grondwater bevindt zich op ongeveer 2,5 meter onder het maaiveld. Overtollig regenwater wordt door de Geul afgevoerd naar de Maas, terwijl bij langdurige droogte (zoals in de zomer van 2003) de bodem voldoende vocht blijft vasthouden.